VASP 5.4.1+VTST编译安装

VTST(Transition State Tools for VASP)是VASP的过渡态工具，可以免费获取：http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html。里面还有VTST Scripts: vtstscripts.tgz，安装时不需要，使用时需要。

VASP及VTST安装无需root权限，普通用户即可安装。

1. 解压缩VASP源码包：

   tar xvf vasp.5.4.1.tar.bz2

   解压缩后的目录为vasp.5.4.1。
2. 进入vasp.5.4.1目录：

   cd vasp.5.4.1

3. 查看vasp.5.4.1目录下有何内容：

   ls -l

   输出类似：

   drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:17 arch
   drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:16 bin
   drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 2月  26 20:59 build
   -rw-r--r-- 1 hmli nic   371 9月  30 11:51 makefile
   -rw-r--r-- 1 hmli nic 12263 9月  30 11:51 README
   drwxr-xr-x 4 hmli nic 20480 9月  30 11:51 src

   查看说明：

   more README

   从说明中我们得知从5.4.1开始目录结构及编译方式变化为如下方式：

   vasp.X.X.X (root directory)
                         |
      ---------------------------------------
     |              |          |             |
    arch           bin       build          src
                                             |
                                        ----------
                                       |          |
                                      lib       CUDA

   说明：
   • vasp.X.X.X：解压缩后的根目录
   • arch：针对不同架构的Makefile模板，如里面含有makefile.include.linux_intel
   • bin：编译后的可执行程序文件
   • build：编译时自动复制src目录内源码后执行编译的目录
   • src：源码目录
   • lib：库目录，对应以前的vasp.lib目录
   • CUDA：GPU CUDA代码目录
4. 设置VTST：
   下载：

   wget http://theory.cm.utexas.edu/code/vtstcode.tgz

   解压缩：

   tar xvf vtstcode.tgz

   之后会生成vtstcode-171目录，此目录内包含以下文件：

   bbm.F
   bdr_changes
   bfgs.F
   cg.F
   chain.F
   dimer.F
   dynamic.F
   dynmat.F
   fire.F
   instanton.F
   lanczos.F
   lbfgs.F
   mkbdrpro.pl
   neb.F
   opt.F
   qm.F
   sd.F
   vasp-5.3.2-main.patch
   vasp-5.3.2-mpmd.patch
   vasp-5.4.1-mpmd.patch

   根据官方安装说明http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html：
   • 需要将这些文件复制到src目录中：
     • 因为src目录下存在chain.F，建议先备份chain.F（可选）：

       cp src/chain.F src/chain.F-org

     • 将vtstcode-171目录下文件复制到src下：

       cp vtstcode-171/* src/

   • 修改src/main.F源码：

     将（第3233行）

     CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
          LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

     变为（注意后两行）：

     CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
           TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
     !     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

   • 修改编译配置src/.objects，在chain.o前（大概第67行）添加如下内容：

     bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
     fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \

   注意\后不能有空格。
5. 查看所用的编译器：

   which ifort

   输出类似：

   /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/intel64/ifort

   如显示不存在，那么可以类似下面设置下Intel编译器环境（具体路径与你所使用的系统有关）：

   . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64

6. 查看Intel MKL环境：

   echo $MKLROOT

   输出类似：

   /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl

   如显示不存在，那么可以类似下面设置下Intel MKL环境（最好与编译器版本一致）：

   . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64

7. 查看Intel MPI环境（最好与编译器版本一致）：

   which mpiifort

   如显示不存在，那么可以类似下面设置下Intel MPI环境：

   . /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh intel64

   查看是否存在/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a，如没存在，那么可以在自己目录下编译生成libfftw3xf_intel.a：

   mkdir -p ~/local/interfaces

   cp -a /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf ~/local/interfaces

   cd ~/local/interfaces/fftw3xf

   make libintel64

   顺利的话，将在此目录下生成libfftw3xf_intel.a。
8. 采用arch/makefile.include.linux_intel做为模板（在vasp.5.4.1目录下，未考虑CUDA）：

   cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include

9. 修改makefile.include：

   必要时修改OBJECTS那，将

   $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

   修改为（假如使用~/local/interfaces/fftw3xf）：

   $(HOME)/local/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

   其它参数，请见VASP官方说明。

10. 为防止以前编译好的.o和.a文件与新修改的编译配置冲突，建议清除以前编译文件：

    make veryclean

11. 执行编译，可以默认编译或分开编译：
    • 默认编译（将编译生成std、gam和ncl版）：

      make

    • 分开编译：
      • 编译标准std版：

        make std

      • 编译gamma-only版：

        make gam

      • 编译non-collinear版：

        make ncl

    编译完成后将在bin目录下生成对应的版本的可执行程序：vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std。

12. 错误处理：

    如果有错，请注意看错误信息，然后根据信息进行处理。