基本信息 用户申请 Linux系统 登录及数据传输 程序编译及安装 LSF作业调度系统 Slurm作业调度系统 应用软件 VPN 

• Fluent

  • Fluent软件安装在/opt/Fluent.Inc目录下，使用前需在自己的~/.bashrc文件中设置环境变量：

    FLUENT_HOME=/opt/Fluent.Inc
    export PATH=$PATH:$FLUENT_HOME/bin

    添加完成设置后重新登录或source ~/.bashrc使设置生效。
  • 举例：
    提交一个申请使用24个CPU核计算的作业到normal队列上计算，需根据实际计算修改必要的参数，保持-n与-t参数一致：
    bsub -q normal -n 24 -o %J.log -e %J.err fluent -lsf 3ddp -g -t24 -pib -ssh -i example.journal

• Gaussian

  • 超算中心购买的Gaussian(高斯)软件版本为: G09 D.01和G16，安装在/opt目录下。
  • 用户使用前需在~/.bashrc文件中设置环境变量：

    export g09root="/opt"
    export GAUSS_SCRDIR="/tmp"
    . $g09root/g09/bsd/g09.profile

  • 高斯计算程序输入文件里的nproc参数指定的作业进程数应与提交命令中-n参数指定的进程数保持一致。
  • 高斯作业只能提交到small队列上。
  • 举例：
    • 提交一个24进程的高斯g09作业example.com到small队列上运行：
      bsub -q small -n 24 -o %J.log -e %J.err g09 example.com

• Materials Studio

  • 在/opt/accelrys目录下安装了Materials Studio软件，用户在使用前需要在自己的~/.bashrc文件中设置环境变量（以6.0版为例）：

    . /opt/accelrys/LicensePack/etc/lp_profile
    export MS_INSTALL_ROOT=/opt/accelrys/MaterialsStudio6.0
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib/32
    export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin
    export CASTEP_TMP=/tmp
    export DMol3_TMP=/tmp 
    

  • seedfile需替换为自己的输入文件,在提交时不需要文件扩展名。
  • 举例：
    • 提交一个申请使用72进程数的castep作业到normal队列上：
      RunCASTEP.sh -q normal -np 72 seedfile
    • 提交一个申请使用72进程数的dmol3作业到normal队列上：
      RunDMol3.sh -q normal -np 72 seedfile

• MatLab

  • 超算中心购买了MatLab 2014b及之后的计算软件及其工具箱的正版版权，全校在校的师生均可使用，非在校师生及校外人员不可使用。
  • 超算中心服务器上matlab的安装路径为/opt/MATLAB，用户使用前需在自己的~/.bashrc文件中设置环境变量：

    export PATH=$PATH:/opt/MATLAB/R2014b/bin

    设置完成后重新登录或者执行命令source ~/.bashrc使设置生效。
  • Matlab在默认情况下某些调用函数会使用计算节点存在的所有CPU并行计算。在服务器上运行时会使得在同一节点上的其他计算任务效率降低，影响系统的正常运行。可以尝试下面方法解决这个问题: 提交作业时将单个节点的CPU核心数作为进程数提交作业。比如计算节点配置24核CPU，则提交作业时指定参数-n 24
  • 服务器上不支持调用桌面环境，提交作业时需加上-nodisplay参数屏蔽调用
  • 采用matlab -r inputfile 方式提交时，inputfile需要去除.m的文件扩展名。 举例：
    bsub -q normal -n 24 -o %J.log -e %J.err matlab -nodisplay -r inputfile

• OpenFOAM

  • 安装路径为/opt/OpenFOAM，版本为v2.3.0，使用此软件前需要在自己的~/.bashrc文件中设置环境变量：

    source /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-2.3.0/etc/bashrc

    设置完成后重新登录或者执行命令source ~/.bashrc使设置生效。
  • 超算中心服务器不支持程序调用图形界面，因为OpenFOAM的计算不支持可视化的部分。
  • OpenFOAM使用OpenMPI来支持并行计算，用户使用前需要确认自己使用的是OpenMPI。可以使用系统上的命令module或mpi-selector-menu来设置要使用的MPI版本。修改mpi设置，要退出后重新登录使设置生效。
  • 作业提交时，请务必设置输入文件里面使用的CPU核心数和-n参数申请的CPU核心数一致。
  • 举例：CtpisoFoam为用户程序执行的模块，请根据自身作业需要调整为其他文件：
     bsub -q normal -n 72 -o %J.log -e %J.err mpijob CtpisoFoam -parallel

• VASP

  • 在/opt/bin/目录下有中心统一编译安装之后的vasp软件可执行文件，用户可选择合适的版本将可执行文件拷贝到自己的帐号目录下使用，也可以在提交作业时指定/opt/bin/vasp-***的绝对路径。
  • 举例：
    提交一个申请使用76进程数的作业到normal队列上
    bsub -q normal -n 76 -o %J.log -e %J.err mpijob /opt/bin/vasp-5.3.5-141218