设置编译及运行环境

本超算系统安装了多种编译环境及应用等，为方便用户使用，采用Environment Modules工具对其进行了封装，用户可以利用module命令设置、查看所需要的环境等。编译和运行程序时在命令行可用module load modulefile加载对应的模块（仅对该次登录生效），如不想每次都手动设置，可将其设置在 或 文件中：

  • ~/.bashrc ，只Bash启动时设置：

module load intel/2020

  • ~/.modulerc ，每次module命令启动时都设置：

#%Module1.0
module load intel/2020

注意第一行#%Module1.0是必需的。

module基本语法为：module [ switches ] [ sub-command ] [ sub-command-args ]

常用开关参数(switches)：

  • --help, -H：显示帮助。

  • --force, -f：强制激活依赖解决。

  • --terse, -t：以短格式显示。

  • --long, -l：以长格式显示。

  • --human, -h：以易读方式显示。

  • --verbose, -v：显示module命令执行时的详细信息。

  • --silent, -s：静默模式，不显示出错信息等。

  • --icase, -i：搜索时不区分大小写。

常用子命令(sub-command)：

  • avail [path...]：显示MODULEPATH环境变量中设置的目录中的某个目录下可用的模块，如有参数指定，则显示MODULEPATH中符合这个参数的路径。如module avail：

------------------------ /opt/Modules/app -----------------------
gaussian/g16.C01 vasp/5.4.4/intel-2020 vasp/5.4.4/vtst/intel-2020
matlab/2019b vasp/5.4.4/intelmpimkl2018u4
vasp/5.4.4/hpcx-intel-2019.update5-novtst
vasp/5.4.4/vtst/hpcx-intel-2019.update5

------------------------ /opt/Modules/compiler -------------------
cuda/10.2.89 gcc/7.5.0 gcc/8.3.0 gcc/9.2.0 intel/2018.update4
intel/2019.update5 intel/2020

------------------------- /opt/Modules/lib -----------------------
mkl/2018.update4 mkl/2019.update5 mkl/2020

------------------------- /opt/Modules/mpi -----------------------
hpcx/hpcx hpcx/hpcx-mt hpcx/hpcx-prof-ompi intelmpi/2020
openmpi/4.0.2/intel/2020 hpcx/hpcx-debug hpcx/hpcx-mt-ompi
hpcx/hpcx-stack openmpi/3.0.5/gcc/9.2.0 hpcx/hpcx-debug-ompi
hpcx/hpcx-ompi intelmpi/2018.update4 openmpi/3.0.5/intel/2020
hpcx/hpcx-intel-2019.update5 hpcx/hpcx-prof intelmpi/2019.update5
openmpi/4.0.2/gcc/9.2.0

------------------------ /opt/Modules/python ---------------------
anaconda3 python/3.8.1

上面输出：

  • /opt/Modules/mpi：模块所在的目录，由MODULEPATH环境变量中设定。

  • openmpi/3.0.5/intel/2020：模块名或模块文件modulefile，此表示此为3.0.5版本Open MPI，而且是采用2020版本Intel编译器编译的。

  • help [modulefile...]：显示每个子命令的用法，如给定modulefile参数，则显示modulefile中的帮助信息。

  • add|load modulefile...：加载modulefile中设定的环境，如module load openmpi/3.0.5/intel/2020。

  • rm|unload modulefile...：卸载已加载的环境modulefile，如module unload openmpi/3.0.5/intel/2020。

  • swap|switch [modulefile1] modulefile2：用modulefile2替换当前已加载的modulefile1，如modulefile1没指定，则交换与modulefile2同样根目录下的当前已加载modulefile。

  • show|display  modulefile...：显示modulefile环境变量信息。如
    module show openmpi/3.0.5/intel/2020

    上面输出：

    • 第一行是modulefile具体路径。

    • module-whatis：模块说明，后面可用子命令whatis、apropos、keyword等显示或搜索。

    • module load：表示自动加载的模块。

    • prepend-path：表示将对应目录加到对应环境变量的前面。

  • clear：强制module软件相信当前没有加载任何modulefiles。

  • purge：卸载所有加载的modulefiles。

  • refresh：强制刷新所有当前加载的不安定的组件。一般用于aliases需要重新初始化，但环境比那两已经被当前加载的模块设置了的派生shell中。

  • whatis [modulefile...]：显示modulefile中module-whatis命令指明的关于此modulefile的说明，如果没有指定modulefile，则显示所有modulefile的。

  • apropos|keyword string：在modulefile中module-whatis命令指明的关于此modulefile的说明中搜索关键字，显示符合的modulefile。

其它一些不常用命令及参数，请man module查看。

用户也可自己生成自己所需要的modulefile文件，用MODULEFILE和环境变量来指该modulefile文件所在目录，用module来设置，具体请man module及man modulefile。