设置编译及运行环境

本超算系统安装了多种编译环境及应用等，为方便用户使用，采用Environment Modules工具对其进行了封装，用户可以利用module命令设置、查看所需要的环境等。编译和运行程序时在命令行可用module load modulefile加载对应的模块（仅对该次登录生效），如不想每次都手动设置，可将其设置在文件 ~/.bashrc 或 ~/.modulerc 中：

  • ~/.bashrc ，只Bash启动时设置：
module load intel/2020
  • ~/.modulerc ，每次 module list 等命令启动时都设置：
#%Module1.0
module load intel/2020

注意第一行 #%Module1.0 是必需的。

module基本语法为： module [ switches ] [ sub-command ] [ sub-command-args ]

常用开关参数(switches)：

  • --help, -H ：显示帮助。
  • --force, -f ：强制激活依赖解决。
  • --terse, -t ：以短格式显示。
  • --long, -l ：以长格式显示。
  • --human, -h ：以易读方式显示。
  • --verbose, -v ：显示module命令执行时的详细信息。
  • --silent, -s ：静默模式，不显示出错信息等。
  • --icase, -i ：搜索时不区分大小写。

常用子命令(sub-command)：

  • avail [path...] ：显示环境变量 MODULEPATH 中设置的目录中的某个目录下可用的模块，如有参数指定，则显示 MODULEPATH 中符合这个参数的路径。如 module avail 命令显示：
------------------------ /opt/Modules/app -----------------------
gaussian/g16.C01 vasp/5.4.4/intel-2020 vasp/5.4.4/vtst/intel-2020
matlab/2019b vasp/5.4.4/intelmpimkl2018u4
vasp/5.4.4/hpcx-intel-2019.update5-novtst
vasp/5.4.4/vtst/hpcx-intel-2019.update5

------------------------ /opt/Modules/compiler -------------------
cuda/10.2.89 gcc/7.5.0 gcc/8.3.0 gcc/9.2.0 intel/2018.update4
intel/2019.update5 intel/2020

------------------------- /opt/Modules/lib -----------------------
mkl/2018.update4 mkl/2019.update5 mkl/2020

------------------------- /opt/Modules/mpi -----------------------
hpcx/hpcx hpcx/hpcx-mt hpcx/hpcx-prof-ompi intelmpi/2020
openmpi/4.0.2/intel/2020 hpcx/hpcx-debug hpcx/hpcx-mt-ompi
hpcx/hpcx-stack openmpi/3.0.5/gcc/9.2.0 hpcx/hpcx-debug-ompi
hpcx/hpcx-ompi intelmpi/2018.update4 openmpi/3.0.5/intel/2020
hpcx/hpcx-intel-2019.update5 hpcx/hpcx-prof intelmpi/2019.update5
openmpi/4.0.2/gcc/9.2.0

------------------------ /opt/Modules/python ---------------------
anaconda3 python/3.8.1

上面输出：

  • /opt/Modules/mpi：模块所在的目录，由环境变量 MODULEPATH 中设定。
  • openmpi/3.0.5/intel/2020：模块名或模块文件modulefile，此表示为采用2020版Intel编译器编译的3.0.5版Open MPI。
  • help [modulefile...] ：显示每个子命令的用法，如给定modulefile参数，则显示modulefile中的帮助信息。
  • add|load modulefile... ：加载modulefile中设定的环境，如 module load openmpi/3.0.5/intel/2020 。
  • rm|unload modulefile... ：卸载已加载的环境modulefile，如 module unload openmpi/3.0.5/intel/2020 。
  • swap|switch [modulefile1] modulefile2 ：用modulefile2替换当前已加载的modulefile1，如modulefile1没指定，则交换与modulefile2同样目录下的当前已加载modulefile。
  • show|display modulefile... ：显示modulefile环境变量信息。如 module show openmpi/3.0.5/intel/2020 命令。

上面命令的输出：

  • 第一行是modulefile具体路径。
  • module-whatis：模块说明，后面可用子命令whatis、apropos、keyword等显示或搜索。
  • module load：表示自动加载的模块。
  • prepend-path：表示将对应目录加到对应环境变量的前面。
  • clear ：强制module软件相信当前没有加载任何modulefiles。
  • purge ：卸载所有加载的modulefiles。
  • refresh ：强制刷新所有当前加载的不安定的组件。一般用于aliases需要重新初始化，但环境比那两已经被当前加载的模块设置了的派生shell中。
  • whatis [modulefile...] ：显示modulefile中module-whatis命令指明的关于此modulefile的说明，如果没有指定modulefile，则显示所有modulefile的。
  • apropos|keyword string ：在modulefile中module-whatis命令指明的关于此modulefile的说明中搜索关键字，显示符合的modulefile。

其它一些不常用命令及参数，请 man module 查看。

用户也可自己生成自己所需要的modulefile文件，用环境变量 MODULEPATH 等来指该modulefile文件所在目录，用 module 命令来设置，具体请执行 man module 及 man modulefile 命令查看帮助。