说明:
1.超算中心购买的高斯软件版本为: G09 D.01、G16 C.01(支持v100GPU)、C.02(支持a100 GPU)安装在超算中心各系统的/opt/gaussian目录下,该软件具有全校正版版权。
g16 windows版本、GaussView6+GMMX软件,下载地址https://i.ustc.edu.cn/->正版软件->高斯。(请注意其中的安装说明文件内含系列号)
Linux版本的安装包不提供下载,请申请超算中心系统上计算使用。如课题组有自建超算系统需要安装,先邮件联系sccadmin@ustc.edu.cn说明。
2.用户使用前需检查自己帐号是否拥有使用权限,没有权限的请向中心提出申请。仅限科大校内师生用户可以申请使用。
3. slurm设置参数-n的数值要与高斯计算输入文件里设置使用cpu核数(%nproc或%CPU)的参数数值保持一致,否则申请使用核数与计算使用核数不一致,实际开启进程数为输入文件里设置使用cpu核数.
4.仅可单节点内并行计算,不支持跨节点并行计算。
5.权限查看命令:id 账号名,例如 id pirate
uid=10002(pirate) gid=10001(nic) 组=10001(nic),10002(gaussian)
用户属组里有gaussian则有权限使用,没有则没权限。校内师生可向中心申请增加权限。
6.举例:脚本文件gaussian.slurm内容如下
#!/bin/sh
#SBATCH -J jobname
#SBATCH -o %j.log
#SBATCH -e %j.err
#SBATCH -N 1 -n 64
#SBATCH -p CPU-256C768GB
#SBATCH --qos=qos_cpu-256c768gb
echo Time is `date`
echo Directory is $PWD
echo This job runs on the following nodes:
echo $SLURM_JOB_NODELIST
echo This job has allocated $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE cpu cores
module load gaussian/g16.c02
g16 123456.gjf
提交作业命令:sbatch gaussian.slurm
7.高斯作业使用GPU的设置:
当使用GPUs时,每个GPU进程必须由一个CPU进程控制。该CPU应该在物理架构上更靠近所控制的GPU,并且GPUs不能共享CPUs控制。另外需要注意,用于控制GPU的CPUs不能再用于做进程计算核心。
%GPUCPU命令设置:用于计算的GPUs及用于控制的CPUs可通过Link 0部分使用%GPUCPU命令指定。此命令有一个参数:%GPUCPU=gpu-list=control-cpus,其中gpu-list为GPU列表(用逗号隔开),也可以是数值范围(例如,0-4,6);control-cpus为相似格式的控制CPU列表,这两列的内容是GPU及控制CPU。例如:
%CPU=0-39 %nproc=40
%GPUCPU=0-1=0-1 %GPUCPU=0,1=3,6
注意:control-cpus必须在%CPU的参数范围内,且实际计算时并不参与计算。
第一种设置方法:向服务器申请0-39号共40个CPU核,0-1号共2个GPU核心,以及控制GPU核心上进程的0-1号共2个CPU核。参数中使用核心皆连续,此种%CPU设置方法优先使用,因计算是程序进程与使用核绑定,减少缓存损失,效率较高;
第二种设置方法:向服务器申请40个CPU核,0,1号共2个GPU核心,以及控制GPU核心上进程的3,6号共2个CPU核。参数中使用核心不连续,此种%nproc的设置方法也可以使用,但效率略差于第一种方法。
